Prezidentūra ne iš karto tapo Mokytojų namais. Pirmosios sovietinės okupacijos metais 1940 m. Prezidento rūmuose įsikūrė LTSR Aukščiausios Tarybos Prezidiumas. Vėliau, vokiečių okupacijos metu, rūmuose veikė vokiečių karinė krašto vadovybė. Po karo, apie 1945 m., pastate įsikūrė Pionierių namai, o 1955 m. – Mokytojų namai. Pastatas patyrė daugybę pertvarkų: pirmame aukšte buvo išgriauta daug sienų, įrengta kino salė, kurios grindų nuolydžiui teko nukasti dalį žemės grunto. Pagrindiniame fasade buvo nugriautas prieangis su lieto ketaus kolonėlėmis. Sunaikinti puošnūs arkinių langų rėmai.