Būdama Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus filialu, Istorinė Lietuvos Respublikos Prezidentūra Kaune naudojasi visais šio muziejaus fondais.
Taip pat palaipsniui formuojamas 1918–1940 m. spaudos ir leidinių fondas, kuris bus prieinamas lankytojui buvusiame Prezidento valgomajame įrengus skaityklą.
Taip pat renkamas muziejui dovanotų daiktų, spaudinių bei foto medžiagos fondas, kuriame svarbią vietą jau užima ambasadoriaus Stasio Lozoraičio dovanotos nuotraukos.
