1915 metų rugpjūtį prasidėjus aktyviems Pirmojo pasaulinio karo veiksmams Kaune, vokiečiai iš lėktuvų mėtė bombas ant Kauno senamiesčio, tačiau rūmų nekliudė nė vienas sprogmuo. Kauną užėmus vokiečiams pastatas atrodė sveikas ir ganėtinai puošnus, nes paskubomis iš Kauno evakuodamasis gubernatorius neturėjo nei laiko, nei pajėgų išsikraustyti su visu turtu.

1916 metų pavasarį pirmajame rūmų aukšte įsikūrė Vokietijos okupuotos Lietuvos srities Oberosto viršininku paskirtas kunigaikštis pulkininkas Francas Izenburgas-Biršteinas. Antrajame rūmų aukšte buvo įrengta karininkų valgykla-restoranas bei poilsio kambariai su kortų stalais. Čia lankydavosi anapus gatvės buvusioje Kauno berniukų gimnazijoje dirbę Oberosto Lietuvos srities administracijos tarnautojai. Rašytojas Arnoldas Cveigas, karo metais tarnavęs Kaune, kūrinyje „Mindaugas II-asis“ rašė, jog rūmų „antras aukštas nuolat kvepėjo puikiais karštais patiekalais, kava ir tabako dūmais“. Rūmuose karo metais lankėsi Vokietijos imperatorius Vilhelmas II bei Bavarijos princas Leopoldas.

Nuo 1918 metų pradžios čia rezidavo civilinės valdžios viršininkas grafas Fridrichas fon Falkenhauzenas. Paskutinis vokiečių okupacinės civilinės valdžios vadovas Liudvikas Cimerlė rūmus paliko 1919 m. liepą.