1944 metų rugpjūčio mėnesį Kaunas vėl atsidūrė sovietų okupacinės valdžios rankose. Kadangi miestas prarado sostinės statusą ir visos valstybinės institucijos buvo perkeltos į Vilnių, prisimintas 1941 metų nutarimas buvusius Prezidento rūmus kartu su aplinkiniais komplekso pastatais pritaikyti komunistinei vaikų organizacijai – Pionierių namams. Pionieriai, greičiausiai dėl prastos pastato būklės, čia ilgai neužsilaikė. Apleistas pastatas 1950 metais buvo perduotas Kaune įsteigtiems Mokytojų namams. Po ilgai trukusio pastato remonto 1957 metais buvusių Prezidento rūmų durys vėl atsivėrė plačiajai visuomenei.
Šiuo laikotarpiu visas pastatų kompleksas išgyveno didžiausias transformacijas nuo pat gubernijos laikų. Uždaras Prezidentūros vidinis kiemelis su visais želdiniais ir gėlynais po Antrojo pasaulinio karo buvo sunaikintas. Jo vietoje pastatyti du menkaverčiai pastatai, kita dalis teritorijos išklota plytelėmis ir pritaikyta automobilių stovėjimo aikštelei. Mokytojų namų laikotarpiu sodas pakito nežymiai: išnaikinta gyvatvorė, supusi pagrindinį rūmų fasadą, akmenimis grįstas kelias užklotas asfaltu, pastatytas skulptoriaus Juozo Zikaro sukurtas istoriko Simono Daukanto biustas.
Didesnes transformacijas teko atlaikyti patiems rūmams. Šiuo periodu stipriai nukentėjo autentiškas pastato interjeras ir eksterjeras. Rūmų fasade panaikintos visos dekoratyvinės detalės, o plečiant antro aukšto patalpas buvo sudarkyta šiaurinio fasado architektūra. Dar daugiau nuo šios rekonstrukcijos nukentėjo rūmų vidus: keičiant patalpų planavimą išgriautos sienos, sunaikinti visi puošnūs interjero elementai, galėję byloti apie buvusią rūmų prabangą.
Mokytojų namų pirmame aukšte įsikūrė kino teatro salė su bilietų kasa bei kitos administracinės ir funkcinės patalpos. Antrame aukšte veikė biblioteka, Mokytojų namų administracija ir buhalterija bei Kauno srities švietimo profsąjungos komitetas, čia įrengta ir žiūrovų salė su scena. Dalis patalpų buvo paskirtos meno kolektyvų repeticijoms, įvairiems kursams bei įvairiai Mokytojų namų kultūrinei-edukacinei veiklai: Liaudies teatro vaidinimams, susitikimams su žymiais rašytojais ir poetais, o kur dar šventės, koncertai, kvietę užsukti ne tik mokytojus, bet ir miestiečius.
1989 metais Mokytojų namai perduoti tuomečiam Kauno valstybiniam istorijos muziejui (dabar Vytauto Didžiojo karo muziejus), tačiau rūmuose Mokytojų namai veikė dar iki 1995 metų rudens.
