1940 metų birželio 15 dieną prezidentui Antanui Smetonai pasitraukus į Vakarus rūmuose apsistojo birželio 17 dieną Liaudies vyriausybės Ministru Pirmininku, laikinai einančiu Lietuvos Respublikos prezidento pareigas tapęs žurnalistas Justas Paleckis. Jis įsikūrė antrame Prezidentūros aukšte, kur buvo valstybės vadovo kabinetas, o į prezidento šeimai skirtą butą pirmame rūmų aukšte atsikraustė žmona su vaikais.
Sovietų Sąjungai aneksavus Lietuvą ir valstybei tapus Lietuvos sovietų socialistine respublika, senosios valstybinės institucijos buvo keičiamos naujomis struktūromis. Prezidento rūmai virto Aukščiausiosios Tarybos Prezidiumo namais.
Per šį trumpą, vos vienerių metų laikotarpį – nuo 1940 birželio iki 1941 metų birželio, pastatas mažai tepasikeitė, gal trūko keleto baldų bei reprezentacinių reliktų, neatitikusių naujojo laikmečio dvasios. 1941 metais ruošiantis valstybinių institucijų perkėlimui į 1939 metais atgautą sostinę Vilnių, buvo inicijuotas dalies rūmų turto, turėjusio meninės ar istorinės reikšmės, perdavimas Kauno valstybiniam kultūros muziejui (dabar Nacionalinis M. K. Čiurlionio dailės muziejus). Tačiau persikelti nespėta. 1941 metų birželio 22 dieną prasidėjus karui tarp Sovietų Sąjungos ir Vokietijos rūmai skubiai apleisti.
