Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę 1990 m. kovo 11 d., formuojant valstybinį aparatą kilo diskusijos dėl būtinybės atkurti Lietuvos Respublikos Prezidento instituciją. Tik 1992 m. spalio 25 d. kartu su Lietuvos Respublikos Seimo rinkimų pirmuoju turu vykusiame referendume buvo pritarta Konstitucijai, kuri atkūrė ir įteisino valstybės vadovo – Prezidento instituciją. Taip buvo įtvirtinta parlamentinė Respublika su atskirais prezidentinės Respublikos bruožais. Ši Konstitucija skelbia, jog valstybės valdžią Lietuvoje vykdo Seimas, Respublikos Prezidentas, Vyriausybė, Teismai. Jų valdžios galias riboja Konstitucija, o visos valdžios įstaigos tarnauja žmonėms.
1992 m. Seimo rinkimuose laimėjus Demokratinei darbo partijai, jos lyderis Algirdas Mykolas Brazauskas buvo išrinktas Seimo Pirmininku ir tą pačią dieną, vadovaujantis Konstitucija, pradėjo laikinai, iki Prezidento rinkimų, eiti Lietuvos Respublikos Prezidento pareigas. Pirmieji Prezidento rinkimai atkurtoje Lietuvos Respublikoje įvyko 1993 m. vasario 14 d. Šie rinkimai iš esmės skyrėsi nuo Pirmosios Lietuvos Respublikos (1918–1940 m.) Prezidento rinkimų tuo, kad pagaliau savo valią tiesiogiai galėjo pareikšti visi balsavimo teisę turėję Lietuvos Respublikos piliečiai.
Atkurtoje Lietuvos Respublikoje Prezidento pareigas iki 2009 m. ėjo trys Prezidentai: Algirdas Mykolas Brazauskas, Valdas Adamkus ir Lietuvos Respublikos Seimo iš Prezidento pareigų už priesaikos sulaužymą pašalintas Rolandas Paksas (po nušalinimo iki naujų rinkimų laikinai Prezidento pareigas ėjo Seimo Pirmininkas Artūras Paulauskas). Po apkaltos naujus Prezidento rinkimus laimėjo Valdas Adamkus ir šiose pareigose išbuvo iki kadencijos pabaigos.
2009 m. LR Seimas Joną Žemaitį, su okupacija kovojusios Lietuvos valstybės vadovą, pripažino faktiškai vykdžiusiu Lietuvos Respublikos Prezidento pareigas (1949 02 16–1954 11 26). Adolfas Ramanauskas-Vanagas 2018 m. lapkričio 20 d. Lietuvos Respublikos Seimo deklaracija pripažintas aukščiausiu gyvu likusiu Lietuvos valstybės pareigūnu ir kovojusios su okupacija Lietuvos valstybės vadovu, ėjusiu pareigas 1954 m. lapkričio 26 d. – 1957 m. lapkričio 29 d.
2009 m. liepos 12 d. prisiekė jau pirmame rinkimų ture triuškinamai laimėjusi Dalia Grybauskaitė. Prezidento pareigas D. Grybauskaitė ėjo dvi kadencijas (perrinkta 2014 m.).
Nuo 2019 m. liepos 12 d. Lietuvos Respublikos Prezidento pareigas eina Gitanas Nausėda.
Pagal Konstituciją Respublikos Prezidentą renka Lietuvos Respublikos piliečiai penkeriems metams, remdamiesi visuotine, lygia ir tiesiogine rinkimų teise, slaptu balsavimu. Respublikos Prezidentu gali būti renkamas Lietuvos Respublikos pilietis pagal kilmę, ne mažiau kaip trejus pastaruosius metus gyvenantis Lietuvoje, nesusijęs priesaika ar pasižadėjimu su užsienio valstybe, kuriam iki rinkimų dienos suėjo ne mažiau kaip 40 metų, nėra teismo pripažintas neveiksniu arba nėra, pagal teismo paskirtą nuosprendį, atlikęs bausmės.
