1989 metų pabaigoje pastatas buvo perduotas Vytauto Didžiojo karo muziejui. 1998 metais AB „Kauno PRPI“ parengė rūmų restauravimo projektą (vadovė – architektė Nijolė Švėgždienė, architektūrinės dalies autorė Julija Zaleckienė). Paveldosaugos ekspertų taryboje buvo apsispręsta teikti pirmenybę Prezidentūros gyvavimo laikotarpiui, kaip reikšmingiausiam Lietuvos valstybės istorijai. Todėl buvo atstatyta ta pastato plano ir tūrio sandora, kurią pastatas turėjo Lietuvos nepriklausomybės metais. Restauravimo darbai pradėti 1998 m.etais, tačiau dėl nutrūkusio finansavimo juos teko stabdyti, tad pastato restauravimas buvo baigtas tik 2003 metais.
Simbolinis Istorinės Prezidentūros (Vytauto Didžiojo karo muziejaus padalinio) atidarymas įvyko 2003 metų vasario 16 dieną, minint 85-ąsias Lietuvos valstybės atkūrimo metines.
Nuo 2004 metų rūmai buvo Lietuvos Respublikos Prezidentūros kanceliarijos žinioje. 2005 metų liepos 3 dieną Prezidento kanceliarija istorinius Lietuvos Respublikos Prezidento rūmus Kaune perdavė Nacionaliniam M. K. Čiurlionio dailės muziejui. Tų pačių metų liepos 5 dieną Istorinė Lietuvos Respublikos Prezidentūra Kaune atvėrė duris visuomenei.
Istorinės Lietuvos Respublikos Prezidentūros pastatas 1990 metais buvo įtrauktas į istorijos paminklų sąrašą, o 2003 metų rugsėjo 9 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu jam patvirtintas kultūros paminklo statusas.
